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紐約市頻頻發生怪事，市內有極速閃過的黑影、天上星宿的排列位置發生異變，還有不知名生物襲擊人類。 富有而神秘的廠家Max Winters，竟然牽涉其中？ 紐約市急需忍者龜的協助！ 不巧的是他們都沒有空：里奧正接受特訓、牠的兄弟米高、阿當和拉斐爾則失去了生活目標。 在城市和家?都有問題的這刻，里奧和史必拿師父肩負起維持治安和重新團結忍者龜的重任。
